Похоже, что для C # / .NET не так много, согласно этому вопросу . Если вы написали код OCR самостоятельно, используя C #, он может работать как на Compact Framework или может быть реализован с небольшими изменениями. Compact Framework является подмножеством полной платформы .NET, поэтому обычно код, написанный специально для CF, будет работать в обычной Windows, но код, написанный для Windows, может работать или не работать в CF, в зависимости от того, какие функции были использованы.
Ваш партнер в некотором роде прав, но есть много разных платформ для разработки мобильных устройств, и .NET, безусловно, одна из них (и хорошая).