Сохранение проекций максимальной интенсивности изображений с метаданными и масштабированием (соотношение микрон к пикселям) без изменений с использованием пакета tifffile в python 3.X - PullRequest
0 голосов
/ 18 июня 2020

Я пытаюсь перебрать несколько папок для чтения в стопках tiff, сделать максимальные проекции и сохранить их в другой папке. В текущем коде, как показано ниже, процесс работает, но я не смог придумать способ сохранить масштабирование. Изображение теряет масштабирование и метаданные после преобразования в массив numpy.

import os
import tifffile 
import numpy as np
   
for root, folders, name in os.walk(src_folder):
        for folder in sorted(folders):
            file_list = os.listdir(os.path.join(root, folder))
            for name in file_list:
                img=tifffile.imread(os.path.join(root, folder, name))
                img_max=np.max(img, axis=0)
            save_to=os.path.join(save_folder, name)
            tifffile.imsave(save_to, img_max)

Есть ли способ сохранить масштабирование и метаданные исходных данных? Может быть, другой пакет, который сможет это сделать.

...