как установить из биокондуктора с помощью install2.r из littler?

Question

Я пытаюсь использовать https://cran.r-project.org/web/packages/littler/vignettes/littler-examples.html#install2r: _ With_Cmdline_Parsing для установки некоторых пакетов, при этом я получаю сообщение об ошибке dependency 'graph' is not available. Похоже, что этот пакет доступен в проекте Bioconductor (https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/graph.html), но я не знаю, как установить его, используя install2.r.

Итак, в частности, как я могу установить биокондуктор пакеты с использованием install2.r?

Answer 1

Вы не можете, потому что BioConductor использует другую структуру репозитория.

Но поскольку это достаточно частая проблема, я недавно добавил вспомогательный сценарий installBioc.r, который вы используете. Чтобы использовать его, сначала выполните команду

 install.r littler BiocManager

, чтобы убедиться, что у нас есть текущий выпуск littler, а также пакет BiocManager Bio C, который нам нужен. Затем используйте, например,

  /usr/local/lib/R/site-library/littler/examples/installBioc.r S4Vectors

, и он отключит go и установит BiocVersion, S4Vectors, а также зависимость BiocGenerics.