Как отображать метаданные при создании тепловой карты с помощью R

Question

В настоящее время я новичок в изучении того, как создать тепловую карту на R с использованием данных, хранящихся в таблицах Excel, однако мне пока удалось создать простую тепловую карту, но я хотел знать, как я могу отображать метаданные над тепловой картой, как показано в прикрепленном изображении , в котором метаданные отображаются в виде цветных прямоугольников над тепловой картой . я хочу знать, должен ли я сделать два отдельных листа Excel для отображения данных или один? Было бы здорово, если бы я получил образец листа Excel, показывающий отображаемые значения для метаданных и тепловую карту вместе с кодом, который можно использовать? Спасибо!

Answer 1

Вот аналогичный пример с pheatmap. Вам нужно будет прочитать документацию и понять варианты, чтобы сделать ее подходящей для ваших данных.

# generate some example data
dta <- matrix(sample(0:2, 50, replace = TRUE), nrow=5)
rownames(dta) <- letters[1:5]
colnames(dta) <- LETTERS[1:10]

# prepare a data frame with the annotation
ann_df <- data.frame(row.names = colnames(dta),
                     Region = rep(c("first", "second"), times = c(3,7)),
                     Phylogroup = rep(c("A1", "B2"), times=5))

# plot the heatmap itself
pheatmap::pheatmap(dta,
                   color = c("grey", "pink", "brown"),
                   scale = "none",
                   cluster_rows = FALSE,
                   cluster_cols = TRUE,
                   cutree_cols = 3,
                   annotation_col = ann_df)