с автоматически созданным файлом «NinjectWebCommon.cs», нам не нужно вызывать
app.UseNinjectMiddleware(() =>
{
var kernel = new StandardKernel();
kernel.Load(Assembly.GetExecutingAssembly());
return kernel;
}).UseNinjectWebApi(configuration);
, которые включены в библиотеки DLL, упомянутые в заголовке вопроса в методе public void Configuration(IAppBuilder app)
.