как настроить значения для разных генов при создании тепловой карты? - PullRequest
0 голосов
/ 07 мая 2020
• 1000 показаны одним цветом. Я предполагаю, что это связано с тем, что значение счетчика считываний слишком велико для разных генов. Мне интересно, как я могу установить цвет, чтобы отображать изменение на разных этапах:
> head(count_cts)
       E11_rep1  E11_rep2  E14_rep1  E14_rep2   E18_rep1  E18_rep2 Adult_rep1 Adult_rep2
21749  36.30160  25.52971  12.69430  12.19242   6.178822   6.58037   9.699078   8.476963
98403  68.83059  55.77466  45.55116  48.94647  36.936061  37.79677  31.185147  32.160409
18393  61.96632  61.88641  32.40842  38.73810  27.511402  28.93038  36.380648  34.106145
21961  54.56981  72.32896  55.19262  33.07406  25.253003  26.34085  63.996922  64.568683
76709 120.10523 151.40517 140.80155 140.05567 193.244623 181.57044 174.656244 162.301625
67534  96.38161  77.41293  44.04199  52.14191  39.693067  38.77834  17.043186  17.313330

Например, для гена 21749 значение 36,30160 является высоким на E11 по сравнению с 8,476963 для взрослых; однако это значение является низкой экспрессией в гене 98403. Как разрешить этот конфликт? Также после тепловой карты будет кластеризация. Есть ли какие-либо способы получить информацию о том, какие гены находятся в одном кластере?

...