Вашему FileDialog может быть присвоен FilenameFilter, который фильтрует файлы по любым критериям, которые вам нравятся. Вы можете указать его по умолчанию на каталог файлов примеров, чтобы он игнорировал все, что не называется «.sample» или «MySampleXXXX.java», например
myDialog.setFilenameFilter( new FilenameFilter() {
public void accept (File dir, String name) {
return name.startsWith("FooBar");
}
}