Я пытаюсь использовать Dendextend, чтобы нарисовать tanglegram (tangle tree), чтобы интерпретировать перераспределение сегментов вирусов. Деревья newick ， которые я получаю из другого программного обеспечения phylogeneti c (например, Mrbayes / Ra xml) ， как файлы входных деревьев для Dendextend. Формат newick вроде этого
(((EPI1010115:0.00072624,EPI1054126:0.00249360):0.000004,EPI1082012:0.00074391));
Вот код R
rm(list=ls())
library(dendextend)
library(viridis)
library(dplyr)
library(DECIPHER)
library(phylogram)
dend1 <- ReadDendrogram("HA_cd99.newick")
dend2 <- ReadDendrogram("NA_cd99.newick")
dend2_corrected <- untangle_step_rotate_1side(dend1, dend2)[[1]]
tanglegram(dend1, dend2_corrected)
Я получил много предупреждений, подобных этому
Warning message in setmid(x, type = type):
"midcache() of non-binary dendrograms only partly implemented"
И ошибка
Warning message in flip_leaves(dend, leaves1, leaves2):
"NAs introduced by coercion"
Error in weights_for_order[order_x[order]] <- weights: NAs are not allowed in subscripted assignments
Я не получил никакой выходной цифры. Может ли кто-нибудь дать мне несколько подсказок, чтобы разобраться в этой проблеме? Большое спасибо!