Как связать пару вершин в перевернутом круговом дереве phylogeneti c с помощью ggtree в R - PullRequest
Новая
       81

Как связать пару вершин в перевернутом круговом дереве phylogeneti c с помощью ggtree в R

1 голос
/ 13 июля 2020

Я хочу создать фигуру аннотированного дерева phylogeneti c в круговой схеме с ggtree в R. Некоторые вершины должны быть связаны линией кривой. Я могу добиться этого с помощью функции geom_taxalink () в макете rect angular, но это не работает в круговом макете. Похоже, это связано с тем, что geom_taxalink () использует geom_curve (), который не поддерживает нелинейные координаты. Я получаю следующее сообщение:

"Предупреждение: geom_curve не реализован для нелинейных координат "

Ниже: воспроизводимый код, результат, который я получаю, результат, который я хочу, и информация о сеансе. результат, который мне нужен.

Спасибо!

Samuel

Пример кода: 

library(treeio)
library(ggtree)
library(ggplot2)

raxml_file <- system.file("extdata/RAxML", 
                          "RAxML_bipartitionsBranchLabels.H3",
                          package="treeio")

raxml <- read.raxml(raxml_file)
raxml <- as_tibble(raxml)
raxml$label <- gsub("_.*$", "", raxml$label)
raxml <- as.treedata(raxml)

my_tree <- ggtree(raxml, layout = "circular", branch.length = "none") +
  geom_tiplab2(size = 3, hjust = 1) +
  geom_taxalink("EU857082", 
                "YGSIV1534",
                color = "red") +
  scale_x_reverse(limits = c(100, 0))

ggsave("my_tree.png", my_tree,
       width = 10, height = 10, units = "in",
       dpi = 300)

Вот ссылка на образец результата, который я получаю:

Вот ссылка на пример желаемого результата:

Информация о сеансе: 

info <- sessionInfo()
toLatex(info, locale = FALSE)

    # \begin{itemize}\raggedright
    # \item R version 4.0.2 (2020-06-22), \verb|x86_64-pc-linux-gnu|
    #   \item Running under: \verb|Ubuntu 18.04.4 LTS|
    #   \item Matrix products: default
    # \item BLAS:   \verb|/usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.7.1|
    #   \item LAPACK: \verb|/usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.7.1|
    #   \item Base packages: base, datasets, graphics, grDevices, methods,
    # stats, utils
    # \item Other packages: ggplot2~3.3.2, ggtree~2.2.1, treeio~1.12.0
    # \item Loaded via a namespace (and not attached): ape~5.4,
    # aplot~0.0.4, assertthat~0.2.1, BiocManager~1.30.10, cli~2.0.2,
    # colorspace~1.4-1, compiler~4.0.2, crayon~1.3.4, dplyr~1.0.0,
    # ellipsis~0.3.1, fansi~0.4.1, farver~2.0.3, generics~0.0.2,
    # glue~1.4.1, grid~4.0.2, gtable~0.3.0, jsonlite~1.7.0, labeling~0.3,
    # lattice~0.20-41, lazyeval~0.2.2, lifecycle~0.2.0, magrittr~1.5,
    # munsell~0.5.0, nlme~3.1-148, parallel~4.0.2, patchwork~1.0.1,
    # pillar~1.4.6, pkgconfig~2.0.3, purrr~0.3.4, R6~2.4.1, Rcpp~1.0.5,
    # rlang~0.4.7, rstudioapi~0.11, rvcheck~0.1.8, scales~1.1.1,
    # tibble~3.0.3, tidyr~1.1.0, tidyselect~1.1.0, tidytree~0.3.3,
    # tools~4.0.2, vctrs~0.3.1, withr~2.2.0
    # \end{itemize}

1 Ответ

0 голосов
/ 16 июля 2020

Решение заключается в обновлении до версии 2.3.2 (последняя версия на 15 июля 2020 г.), которая размещена на github автором пакета:

devtools :: install_github ("YuLab -SMU / ggtree ")

...