Discord. js документация - ваш друг. Класс Client имеет событие Message, которое запускается всякий раз, когда кто-то отправляет сообщение. Сообщение имеет свойство .author, которое само имеет свойство .bot, которое является boolean.
Чтобы определить, начинается ли сообщение с заданного префикса, вы можете сравнить префикс с возвращенной строкой. из свойства сообщения .content.
Если вы хотите удалить данное сообщение, не беспокойтесь. В классе также есть метод delete.
Используя их, у вас должны быть все необходимые инструменты для того, что вы просили.