Rtools не обнаруживает R при установке пакетов из CRAN

Question

При установке любого нового пакета я получаю сообщение об отсутствии Rtools. Я выполнил инструкции по ручной установке Rtools, но все равно получаю то же сообщение об ошибке.

> install.packages("phyloseq")
WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding

Кажется, R не находит Rtools. Есть ли способ исправить это?

Я заметил вторую проблему - исчезновение ранее установленных пакетов также при запуске новых сеансов R. Могут ли быть связаны эти две проблемы?

Моя версия R в 4.0, и я работаю в Windows 64-битной

Answer 1

После завершения установки вам необходимо выполнить еще один шаг, чтобы иметь возможность скомпилировать пакеты R: вам нужно поместить расположение утилит make Rtools (bash, make, et c) в PATH. Самый простой способ сделать это - создать текстовый файл .Renviron в папке Documents, который содержит следующую строку:

writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron")

Теперь перезапустите R и убедитесь, что make может быть найден, в котором должен быть указан путь к ваша установка Rtools.

Sys.which("make")
## "C:\\rtools40\\usr\\bin\\make.exe"

https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/

Вторая часть с не найденными пакетами связана с обновлением версии R, например, с 3.5 до 3.6 или 3.6 до 4.0. Если вы от go до Documents\R\win-library, то будет папка версии с установленными внутри библиотеками. Вот сценарий, который установит старые библиотеки.

lib_loc <- "C:/Users/apdev/Documents/R/win-library/3.3"
to_install <- unname(installed.packages(lib.loc = lib_loc)[, "Package"])
to_install
install.packages(pkgs = to_install)

https://community.rstudio.com/t/reinstalling-packages-on-new-version-of-r/7670/4