Вот что я в итоге сделал
# Create target for xml
ADD_CUSTOM_TARGET(xml echo "Creating xml.cc" DEPENDS xml.cc)
ADD_CUSTOM_COMMAND(
OUTPUT ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/xml.cc
COMMAND ${BISON_EXECUTABLE}
ARGS -y ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/xml.y -p xml -o ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/xml.cc
)
тогда вам позже понадобятся
add_executable (parse
${SOURCES}
...
xml.cc
)
add_dependencies(parse xml)
и
target_include_directories(parse PUBLIC ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR})
Если вы хотите сгенерированные файлы в сборке реж.