Вы выбрали создание реактивного приложения с помощью Spring WebFlux, поэтому вы не можете использовать SQL базы данных, потому что JDB C блокирует, а R2DB C еще не поддерживается JHipster.
Итак, у вас есть 2 варианта: создать неактивное приложение и использовать базу данных SQL или создать реактивное приложение и использовать базу данных без SQL (MongoDB, Cassandra, Couchbase).