Проверьте разницу в конфигурации. json между
- ваша хорошая версия после исправления вручную
- неправильная версия, созданная Jenkins
Это скажет вам, что именно меняется (например, он может повторно создать учетные данные OAuth)
Затем проверьте, какие плагины, связанные с php, вы установили (как описано в «PHP Шаблон непрерывной интеграции используя Composer и JenkinsCI"), например phing, Ruby, RVM, PHP и Rake.
Посмотрите, есть ли у одного из них параметр, соответствующий тому, что изменяется автоматически: это объясняет почему изменение вручную отменено.