Чтобы уточнить, поведение командной строки по умолчанию у вас не работает или просто не так, как вы хотите?
Насколько я понимаю, именно реализация терминала обеспечивает поведение копирования / вставки, а то, что она обеспечивает, не соответствует остальной части Windows. Чтобы изменить это поведение, вам нужно переключить программу, которая реализует терминал. Вот пара программ, которые появляются в поиске Google для «замены командной строки»:
http://www.powercmd.com/
http://sourceforge.net/projects/console/
Из этих двух, я думаю, один из моих друзей на работе попробовал «Консоль». Он сделал достаточно того, что хотел, чтобы он не чувствовал необходимости продолжать искать.
Если вы просто хотите, чтобы ваши выходные данные для этой конкретной программы работали больше, чем для остальной части Windows, ваш другой выбор - сделать ее программой для Windows.
Редактировать: Исправлен URL-адрес консоли. Публиковал в чьем-то блоге, который ссылался на него, раньше