не может wget из uniprot, что означает ошибка ssv3? - PullRequest
Новая
       139

не может wget из uniprot, что означает ошибка ssv3?

0 голосов
/ 06 августа 2020

EDITED Я новичок в биоинформатике, у меня есть сценарий для загрузки данных последовательности из uniprot, но когда я использую команду wget, я получаю сообщение об ошибке для некоторых веб-ссылок: 

OpenSSLL error:14094410:SSL routines:ssl3_read_bytes:sslv3 alert handshake failure
Unable to establish SSL connection.

Итак, некоторые данные последовательности загружаются (всего 3), а затем я получаю это сообщение об ошибке для каждой из остальных. Я использую виртуальный ящик с ОС ubuntu, поэтому использую сценарий bash. Я попытался установить обновленную версию wget, но получаю сообщение о том, что установлена ​​последняя версия. Есть ли у кого-нибудь предложения?

Согласно запросу, сценарий выглядит следующим образом: 

VAR=$(cat uniprot_id.txt)
URL="https://www.uniprot.org/uniprot/"
for i in ${VAR}
    do
        echo "(o) Downloading Uniprot entry: ${i}"
        wget ${URL}${i}.fasta
        echo "(o) Done downloading ${i}"
        cat ${i}.fasta >> muscle_input.fasta
        rm ${i}.fasta
    done

для подтверждения, все веб-ссылки, которые я создаю с помощью этого сценария, действительны, поэтому они открывают данные последовательности Требуется, когда я нажимаю на веб-ссылки.

...