У нас есть инструмент для резки адаптеров https://github.com/vsbuffalo/scythe/blob/master/README.md, и мы хотели, чтобы он использовался для всех файлов в папке raw и выводил каждый файл отдельно как OUT + File Name.
Что-то не так с этим сценарием, который я написал, потому что он не берет каждый файл отдельно, и все это не работает должным образом. Он будет генерировать пустой файл с именем OUT + files
Ожидаемая операция будет выглядеть так:
взять файл1, использовать косу на нем, записать вывод как OUTfile1
взять файл2 и c .
#!/bin/bash
FILES=/home/dave/raw/*
for f in $FILES
do
echo "Processing the $f file..."
/home/deve/scythe/scythe -a /home/dev/scythe/illumina_adapters.fa -o "OUT"+$f $f
done
Кроме того, я заметил (тестирование на один файл), что скрипт использует только одно ядро из 130 доступных. Есть ли способ улучшить его?