Я выполнял несколько сотен похожих заданий в виде массива заданий SLURM.
Каждое задание включало следующую команду для сжатия двух файлов: $ {SAMPLE_ID} _kneaddata_paired_1.fastq и $ {SAMPLE_ID} _kneaddata_paired_2.fastq:
parallel --jobs 2 gzip ::: ${SAMPLE_ID}_kneaddata_paired_*.fastq
В 45 случаях команда не сжимала файлы и появлялось сообщение об ошибке, подобное этому:
parallel: Error: Command line too long (47 >= 0) at input 0: XYZ.1230000456789_kneaddata_paired_1.fastq
С другой стороны, следующая команда возвращает «131071»:
parallel --max-line-length-allowed
Не могли бы вы посоветовать, что может вызвать эту проблему и как ее исправить? Спасибо!