Папка приложения - это папка с ограниченным доступом. Если пользователь хочет получить к ней доступ через проводник, ему необходимо получить доступ к ней как администратор и иметь повышенные права. Это защита системы для папок приложений UWP.
Если вам нужно простое шифрование, вы можете рассмотреть возможность шифрования данных, хранящихся в базе данных (например, с использованием шифрования Base64 при записи поля и использования дешифрования Base64 при его чтении ).
Вообще говоря, данные, хранящиеся с помощью Sqlite, не должны быть конфиденциальными. Если вы сомневаетесь в безопасности данных, рассмотрите другие решения для доступа к данным.
Например, размещение базы данных на сервере позволяет клиенту косвенно обращаться к данным в базе данных через API.