Что содержит 1.txt? Предполагая, что в файле только одна строка, и вы хотите обновить строку , вы должны сделать это с первым индексом, который равен [0], поэтому:
lines[0] = datetime.today().strftime('%A %d %B %Y at %I:%M %p')
Если вы хотите добавить строку вы должны использовать
lines.append(datetime.today().strftime('%A %d %B %Y at %I:%M %p'))