В вашем тэге флеш-апплета просто введите:
<object id='flashObject' ....>
<param ....>
<param name='wmode' value='opaque'>
<embed ... wmode='opaque'>
</embed>
</object>
Это должно позаботиться об этом.
Обратите внимание, что недостатком этого является замедление рендеринга как для флэш-фильма, так и для элементов страницы, но в большинстве случаев это не должно быть проблемой.
Кроме того, благодаря включению этого параметра в качестве параметра объекта и атрибута embed он работает во всех основных браузерах.
Редактировать в соответствии с комментарием MidnightLighning:
Как только объект флеш-памяти подготовлен таким образом, вам нужно переместить элемент div по странице, например, так:
<body>
<object> ... <!-- this is your flash movie --> </object>
<div id="floater">The Floating Div</div>
</body>
Затем создайте свой CSS следующим образом:
#flashObject { position:relative; z-index:1 }
#floater { position:absolute; z-index:100; top:0; left:0; }