Вы пытались добавить ссылку на сборку SQL Server CE перед добавлением файла? вам не нужно, но у вас может где-то возникнет конфликт.
Для меня я автоматически получаю ссылку на C:\Program Files\Microsoft SQL Server Compact Edition\v3.5\Desktop\System.Data.SqlServerCe.dll
Кроме того, стоит проверить, что у вас установлен «Microsoft SQL Server Compact 3.5 SPx Design Tools» (где SPx - версия пакета обновления, а английский - ваш предпочтительный язык)