ОК, после небольшого перебора выяснилось, что служебная учетная запись и учетная запись для доступа к контенту в центре администрирования SharePoint> Операции> Службы на сервере> Службы поиска служб Windows SharePoint Services были оба установлены для встроенного пользователя "Локальная система msgstr "у которого нет прав для полной индексации сайта. Странно было то, что это индексировало списки, а не документы - я полагаю, что с этими двумя операциями индексации другого типа.
Я создал нового пользователя на сервере с соответствующими разрешениями и назначил его учетной записи службы и доступа к контенту, и через несколько минут я смог увидеть библиотеки документов в результатах поиска.