В зависимости от того, чего вы хотите достичь, и, очевидно, от вашего бюджета, в R., безусловно, будут сделаны отличные вещи. Проверьте Rattle для R и Revolution Computing.
Я большой поклонник SPSS и, к сожалению, не использовал их пакет Modeler, но, возможно, стоит задуматься. Я использовал SAS Enterprise Miner, и хотя он мощный, я не большой поклонник.
Я не так много баловался с Weka, но я обнаружил, что RapidMiner имеет крутую кривую обучения, но у него есть много возможностей.