Не вставляйте переменные в строки в двойных кавычках, и все готово:
"SELECT * FROM " . $table . " WHERE MATCH (message) AGAINST ('" . $string . "%' IN BOOLEAN MODE)"
При этом я не могу подтвердить, что это действительный SQL. Но, по крайней мере, это обеспечит правильное расширение вашей переменной, и если она не будет работать, то это не произойдет из-за PHP.
И на всякий случай, если это напоминание будет полезно, Невар забудет экранировать данные, входящие в запрос .