Обычно папка, созданная во время установки, удаляется при удалении.
Однако этого не происходит, если эта папка не пуста или другой процесс имеет открытый дескриптор этой папки или подпапки внутри.Поэтому вы должны убедиться, что папка не открыта где-то в проводнике или в окне консоли, ваше приложение не запущено и вы не поместили в эту папку никаких дополнительных файлов.
Вы можете проверить с помощью Process Explorer для открытых дескрипторов с помощью команды Find -> Find Handle или Dll и ввода имени папки установки.
Вы можете получить расширенную информацию и сообщения об ошибках, создавжурнал вашего удаления:
msiexec /x myProgram.msi /l*vx log.txt