Принимая этот вопрос за чистую монету: очень маловероятно, что вы фактически устанавливаете библиотеки DLL, которые совместно используются другими программами.И мастера сборки системы VS, и мастера проекта установки очень стараются помешать вам сделать это.Единственный эффективный способ сделать это в .NET - это строгое название сборки и ее развертывание в GAC.Не-GAC способ заключается в реализации события AppDomain.AssemblyResolve.Вы бы упомянули об этом в своем вопросе, если бы действительно сделали это.
Обычный режим развертывания для приложения Winforms - это ClickOnce или установщик, как вы сделали, или просто копирование файлов.Если после установки EXE и используемые им DLL находятся в одном каталоге, то вы не делите какие-либо библиотеки DLL.
Если я догадался об этом и вы на самом деле разделяете библиотеки DLL, то, безусловно, лучшее решение - остановитьделая это.В DLL Hell нечего возиться.