Если вы все еще хотите использовать diff & patch. Вот способ ...
Напишите программу на c, чтобы вставлять символ новой строки в конце каждых 512/1024 / байтов your_choice (это просто чтобы обмануть diff, поскольку он сравнивает файлы построчно). Запустите этот скрипт для двух ваших входных файлов.
Затем запустите 'diff -au file1 file2> mod.diff (вы получите патч здесь)'
Patching это просто 'patch
Затем снова напишите программу для удаления новых строк из двоичного файла. Вот и все ...