По моему опыту, любые проблемы с производительностью хранимых процедур (или другого кода), которые я генерирую с помощью CodeSmith (или MyGeneration), являются результатом того, что я плохо спроектировал шаблон хранимой процедуры, а не ошибкой инструмента codegen.
Вывод вашего codegen хорош только для шаблонов, которые вы используете для его управления. Если у вас есть проблемы с производительностью (или вы подозреваете, что это может быть), профилируйте материал, который вы сгенерировали. Вы можете найти места, где вы можете настроить свои шаблоны для улучшения всех ваших хранимых процедур, или вам может потребоваться особый случай для конкретного запроса, если есть только один, который неоптимален.