На общедоступном веб-сайте можно использовать JavaScript, если информация, содержащаяся на вашем сайте, все еще доступна и удобство использования по-прежнему хорошо для людей без JS.
Если вы находитесь в более контролируемой среде, такой как корпоративная сеть или что-то в этом роде, вы можете гораздо больше полагаться на JavaScript.
Также, если ваш сайт - это больше приложение, чем документ, и его функциональность просто невозможна без JS, вы, конечно, можете его использовать.
Вы также можете просто принять тот факт, что у некоторых людей будут проблемы с использованием вашего сайта, но в любом случае они сильно зависят от JS. Это твой выбор.