Просто используйте это. В Perl строка, похожая на число, является числом.
Теперь, если вы хотите быть уверенным, что это число , прежде чем использовать его, тогда в Scalar::Util
есть служебный метод, который делает это:
use Scalar::Util qw/looks_like_number/;
$input=substr($line,1,index($line,",")-1);
if (looks_like_number($input)) {
$input += 1; # use it as a number!
}
На основе примера ввода, оставленного вами в комментариях, более надежный метод извлечения числа:
$line =~ /([^\[\],]+)/; # <-- match anything not square brackets or commas
$input = $1; # <-- extract match