Было бы идеально иметь несколько файлов javascript в зависимости от класса и функциональности (как у вас их для проекта java) в среде разработки.
Однако, когда вы развертываете файл js в рабочей среде, вам следует объединить все файлы js в один файл и передать их в ваше веб-приложение. Это упростит задачу
Примечание. Было бы также целесообразно использовать компрессор javascript для уменьшения фактического размера и, следовательно, для экономии полосы пропускания.