Возможно ли (и рекомендуется) поставлять приложение x86 только в MSI-конфигурации x86, которая выполняется как приложение x86 на 64-битной ОС / ЦП?
Это возможно и рекомендуется. Если у вас нет версии x64, единственное доступное решение - доставка x86. Версии x64 рекомендуются только в тех случаях, когда вы действительно используете возможности платформы x64, а не просто перекомпиляцию.