Вам даже нужен сервер приложений? Ничто не мешает вам добавлять необходимые сетевые привязки и развертывать их самостоятельно.
Из упомянутых вами серверов у вас есть две разные категории: контейнеры сервлетов и полнофункциональные серверы Java EE
Tomcat и Jetty - контейнеры для сервлетов. Это не означает, что вы можете выполнять с ними только веб-операции и вручную добавлять необходимые библиотеки для получения полноценного сервера Java EE.
Glassfish - это полнофункциональный сервер Java EE, который можно сравнить с JBoss (оба с открытым исходным кодом) или коммерческими конкурентами Weblogic и Websphere.
Иногда этот вопрос прост, поскольку среда, в которой вы работаете, требует определенного вида сервера приложений. Вы должны проверить это в первую очередь.
Если вы не обязаны использовать сервер приложений, я бы спросил, почему вы считаете необходимым использовать сервер приложений?