Visual Build Pro от Kinook - довольно хороший инструмент для развертывания одним щелчком мыши. Он прост в использовании и имеет много возможностей. Я использую это в течение многих лет. Конечно, есть еще и NAnt, которым я мало пользуюсь.
Что касается управления изменениями конфигурации, я управляю несколькими файлами конфигурации с расширениями, которые указывают среду развертывания, а затем просто выполняю простое переименование в качестве шага в моем сценарии сборки.
Например, если я выполняю развертывание в Test, у меня может быть файл конфигурации с именем Web.test.config, который автоматически переименовывается в Web.config с помощью сценария сборки.