Какую версию Windows вы используете? Если вы работаете с версией, в которой используется контроль учетных записей (Vista, 7, 2008 Server), были сообщения о том, что контроль учетных записей пользователя приводит к тому, что опции SourceSafe исчезают из VB6. Отключите на машине и посмотрите, исправит ли это.
(я ненавижу выступать за отключение UAC; для меня это всегда последнее средство, но если оно работает, оно работает.)