Насколько я знаю:
пользователь с недостаточными разрешениями может не иметь возможности создать / записать файл конфигурации
Вы должны иметь возможность создавать файлы в домашнем каталоге пользователя или в каталоге данных приложения, независимо от разрешений. Обычно эти каталоги должны быть доступны для записи.
позволит ли сегодняшний антивирус мне добавлять / редактировать / удалять ключи?
Никогда не видел, чтобы мой антивирус мешал работе с реестром. Вы, вероятно, будете в порядке, пока вы не делаете ничего подозрительного в реестре.
Какой путь будет лучше?
Это вопрос вкуса. Я думаю, что текстовый файл лучше - позволяет более легкую миграцию настроек. Просто не оставляйте мусор после удаления.
Также, если кто-то знает класс / lib для управления настройками конфигурации в vc ++
QSettings в Qt 4. Но использование всего Qt для простого сохранения настроек, безусловно, является излишним. Вы также можете проверить языки конфигурации, такие как JSON, использовать lua для настроек (меньше лишних, чем при использовании Qt 4) или получить любую библиотеку XML. Кроме того, работа с реестром напрямую или написание файлов конфигурации с использованием iostreams или stdio не должна быть сложной. И вы всегда можете написать свою собственную библиотеку конфигурации - если вам так нравится.