Что-то вроде этого возможно?
Два файла, А1 и А2.
$ sdiff -B -b -s A1 A2 | wc
даст вам количество строк, которые отличаются. wc дает общее количество, просто делим.
-b и -B должны игнорировать пробелы и пустые строки, а -s говорит о подавлении общих строк.