Все зависит от типа всплывающего окна, от системного окна сообщений до настраиваемого диалогового окна. Поэтому я не думаю, что есть общее решение для этого.
Если у меня возникнет проблема, я бы использовал макроязык, такой как AutoHotkey (или AutoIt), чтобы обнаружить активацию всплывающего окна и автоматизировать нажатие на кнопку сброса.
[РЕДАКТИРОВАТЬ] Найден готовый блокировщик всплывающих окон AHK: Блокировщик нового окна (всплывающих окон)
Возможно, можно использовать как есть, или как отправную точку.