Я думаю, вы забыли установить масштаб сцены и режимы выравнивания.
Поэтому, когда вы изменяете размер, кнопка переходит к желаемому Y, но когда сцена центрирована, она выходит за пределы экрана, давая понять, что она не работает.
Попробуйте использовать это:
stage.scaleMode = StageScaleMode.NO_SCALE;
stage.align = StageAlign.TOP_LEFT;