Похоже, что MM больше не использует формат String для столбца FK, поэтому
Model.find_by_user_id(user.id.to_s)
должно быть
Model.find_by_user_id(user.id)
Кроме того, тип данных столбца Model.user_id должен быть установлен на
key :user_id, Mongo::ObjectID
Когда я столкнулся с этой проблемой, мне пришлось удалить и воссоздать мою коллекцию, чтобы она заработала - другими словами, я имел обыкновение использовать user_id в качестве строки, но это «взяло бы», только когда я переключал ее, когда перестраивал моя база данных К счастью, я работаю с тестовыми данными, так что это было достаточно просто.