Если оставить в стороне реальные проблемы с Java и т.п., то реальный вопрос в том, что вы разрабатываете для .
Если вы пишете насыщенные настольные приложения, то, естественно, вы хотите разрабатывать на платформе, которая наиболее популярна у ваших пользователей - и я почти уверен, что это не может быть FreeBSD.
Если вы разрабатываете веб-приложения, вы хотите, чтобы ваш сервер был как можно ближе к вашей рабочей среде хостинга. Если вы собираетесь развертывать во FreeBSD, то может иметь смысл запускать его локально, по крайней мере, на виртуальной машине. (Тестирование браузера, конечно, другая проблема.)
Имейте в виду, что, хотя все инструменты разработки, которые вы можете запускать на BSD, также доступны на Linux, обратное, безусловно, неверно, особенно если учесть, что Linux получил все большее коммерческое распространение.
При всем этом, лучший способ - убедиться в этом сами: попробуйте скопировать свою среду разработки, какой бы она ни была, на FreeBSD. Если вам это удастся (и вы переходите с Linux, хе), как только вы получите кодирование, вам даже не важно, на какой ОС вы работаете.