Если вашей главной заботой является Java, я советую держаться подальше от FreeBSD. В Linux / OpenSolaris гораздо проще настроить и запустить разработку Java-приложений.
* BSD является предпочтительной платформой разработки для кодировщиков уровня System, Hardware и Kernel, поскольку эта часть обычно лучше документирована, чем в Linux, и у вас есть «официальная» цель, в то время как в дистрибутивах Linux разные патчи и т.д.