Google использует аналогичный метод для включения своего кода Google Analytics, поэтому, если бы возникла проблема безопасности, люди бы об этом не знали раньше.
Люди, использующие NoScript (должны), знают, что они делают, поэтому смогут разрешить это, если захотят просмотреть видео. Тот факт, что JS относится к академической сфере Великобритании, вероятно, будет выгоден вам.
Что касается настройки, из приведенного выше кода я вижу, что вы передаете видео через php-файл, которому передается идентификатор. Я предполагаю, что вы бы обслуживали файл embed.js таким же образом, передавая идентификатор видео в URL и переписывая сторону файлового сервера для получения правильного кода встраивания в document.write. Если это так, то нет никаких причин, по которым вы не можете передавать другие переменные, чтобы разрешить настройку игрока.