IDA, к сожалению, не будет загружать собственные детали из сборок NGEN. Единственным способом, который я нашел, было использование отладчика Visual Studio.
Если вас не интересуют конкретно внутренние компоненты платформы Microsoft .NET, но также и любой другой JIT, вы можете поиграть с mono --aot, который производит нормальные исполняемые файлы PE или ELF (и даже читаемые исходные коды ассемблера) .