В Windows, если исполняемый файл содержит много значков, 1-й из них будет по умолчанию.
Если у вас есть ресурс значков в вашей среде программирования, поместите нужный значок первым в списке.
Изменить: , так как вы создали пустой проект, чтобы добавить значок, следуйте этим инструкциям:
(как я сказал в своем комментарии, у меня нет VS2008, но шаги должны быть такими же)
Меню: Вставка -> Ресурс -> Импорт
Выберите «Значок», нажмите кнопку импорта и выберите файл значка.
Теперь закройте редактор значков и сохраните скрипт ресурса в папке проекта.
Выберите «Просмотр файлов» и добавьте файл сценария ресурса в «Файлы ресурсов».
Вот и все.