Это может предоставить дополнительную помощь. По сути, я думаю, что вам нужно выяснить, какие у вас есть зависимости и добавить их в ваш сервис, чтобы они начинались раньше, чем у вас.
Это просто выстрел в темноте, но может случиться так, что .net framework еще не загрузился. Возможно, вы можете попытаться установить автоматический запуск с отложенным автоматическим запуском, что позволит времени .net Framework и другим службам Windows запускаться.
Кроме того, при запуске приложения .net оно компилируется с помощью компилятора Just-In-Time. Это может подождать, пока .net его скомпилирует.
Наконец, в зависимости от типа используемого вами экземпляра WCF, у вас может возникнуть проблема с конструктором, требующим некоторое время для инициализации.
Надеюсь, это поможет.