Пакеты Debian .deb - это просто архивы ar, содержащие tar-архивы. Вы можете легко управлять обоими типами файлов, используя cygwin или msys:
$ ar xv asciidoc_8.2.1-2_all.deb
x - debian-binary
x - control.tar.gz
x - data.tar.gz
$ tar -tzf control.tar.gz
./
./conffiles
./md5sums
./control
Или, я полагаю, вы можете установить все "стандартные" компоненты Debian с помощью cygwin, но большая часть этого не принесет вам большой пользы, если вы все равно создаете приложение .Net.