Я не уверен, спрашиваете ли вы о запланированном или существующем приложении.В первом случае вам обязательно следует использовать Mono, поскольку он используется для создания нативных приложений для Linux.Просто упомянуть Banshee, Gnome Do, Tomboy, Plastic SCM и т. Д. Разработка (таким образом) для Windows с Linux в качестве цели развертывания (среди прочих) не так уж необычна, как вы думаете.Обратное тоже;)
С другой стороны, если вы имеете в виду какое-то существующее приложение, тогда вероятность вероятности здесь кажется мне странной.Учитывая существующее приложение, оно будет работать или нет - просто попробуйте.Или предоставьте более подробную информацию;)