Что вам нужно сделать, это установить SVN - версию, совместимую как с Netbeans, так и с Tortoise. Черепаха построена для Subversion 1.6.6 и Netbeans поддерживает кто знает что? Они утверждают, что поддерживают Subversion: 1.4.x, 1.5.x, 1.6.x на своем веб-сайте, но если вы перейдете на Google, вы увидите, что у них, похоже, много проблем с ним.
По моему опыту, любой выигрыш в производительности от интеграции IDE почти сразу компенсируется необходимостью постоянно устранять неполадки при каждом обновлении SVN. Вам будет лучше выполнять контроль версий в командной строке или только через Tortoise (что прекрасно - я скучаю по интеграции оболочки сейчас, когда использую ubuntu и git).